void main()
{
  PD_DDR=0x92;//D2,D3配置成模拟输出
  PD_CR1=0x92;//配置PDI0端口为推挽输出模式
  PD_CR2=0x92;//配置PDI0端口高斜率输出

  UART1_CR1=0x00;
  UART1_CR3=0x00;
  UART1_BRR2=0x03;
  UART1_BRR1=0x68;   //16000000/9600=0x683
  UART1_CR2=0x0C;
  UART1_CR2_RIEN=1;



while(1)PD_ODR_ODR4=1;
}

几种可能。。
你的自定义宏定位错位置了。这玩意很隐蔽。我吃过好几次亏。
某模块的功能配置使用到了PD4。那么，PD4的IO功能被占用了。比如AD。
比如你用的UART1。PD4的CLK功能可能被启动了。就是配置成同步串口了。没细看，自己检查。