举个实例给你参考：
AFIO->MAPR   = 0X00000800;                            //定时器3  CCR2映像到PB5然后你参考手册应该能设置成功

重映射步骤为:

1.打开重映射时钟和USART重映射后的I/O口引脚时钟,

          RCC_APB2PeriphClockCmd(RCC_APB2Periph_GPIOB | RCC_APB2Periph_AFIO,ENABLE);

2.I/O口重映射开启.

                   GPIO_PinRemapConfig(GPIO_Remap_USART1,ENABLE);

3.配制重映射引脚, 这里只需配置重映射后的I/O,原来的不需要去配置.

                             GPIO_InitStructure.GPIO_Pin = GPIO_Pin_6;
                             GPIO_InitStructure.GPIO_Mode = GPIO_Mode_AF_PP;
                             GPIO_InitStructure.GPIO_Speed = GPIO_Speed_50MHz;
                             GPIO_Init(GPIOB, &GPIO_InitStructure);


                              GPIO_InitStructure.GPIO_Pin = GPIO_Pin_7;
                              GPIO_InitStructure.GPIO_Mode = GPIO_Mode_IN_FLOATING;
                               GPIO_Init(GPIOB,&GPIO_InitStructure);
简单的说 STM32的 io 有3个功能一个是默认的 一个是复用 一个是重映射功能（这个其实也属于复用）

如果配置成复用 则将使用第2个功能 如果配置成复用 同时 相应的重映射配置了 则将使用第3个功能

通常一个口的 复用+重映射有好多 不止两个 这时候就看你使能哪个设备了（哪个被使能就用哪个）

开复用 + 使能设备+ 是否重映射就可以决定这个io口到底使用哪个功能

1. USART_ClockInitTypeDef  USART_ClockInitStructure;
   
2. 
   
3.         USART_ClockInitStructure.USART_Clock = USART_Clock_Disable;
   
4.         USART_ClockInitStructure.USART_CPOL = USART_CPOL_Low;
   
5.         USART_ClockInitStructure.USART_CPHA = USART_CPHA_2Edge;
   
6.         USART_ClockInitStructure.USART_LastBit = USART_LastBit_Disable;
   
7.         USART_ClockInit(USART1 , &USART_ClockInitStructure);

复制代码

不知都楼主用的什么版本的库，一直用3.5的，没发现有这个结构体...

为了使用这个端口我这样设置，AFIO_MAPR|=1<<2;  
但是总是报错                             Error[Pe020]: identifier "AFIO_MAPR" is undefined

应该是AFIO->MAPR来操作寄存器。

其他的貌似没什么，引脚复用很简单的。
如果还是有问题，就下载一个STM32CubeMX软件，看看官方工具生成的代码和你自己的有什么差异。